○環境省レッドデータブックに記載された阿蘇の草原植物
（ごく近い将来における絶滅の危険性がきわめて高い種（絶滅危惧ⅠＡ類））
ケルリソウ、タマボウキ、チョウセンカメバソウ、ハナシノブ、ヒメヒゴタイ
（ⅠＡ類ほどではないが、近い将来絶滅の危険性がきわめて高い種（絶滅危惧ⅠＢ類））
オグラセンノウ、ツクシトラノオ、ヤツシロソウ、ヒゴタイ、コウライトモエソウ、タカネコウリンギク、ヒメユリ、ツクシマツモト（マツモトセンノウ）、ハナカズラ、ツクシフウロ、ベニバナヤマシャクヤク、シムラニンジン、ロクオンソウ、ムラサキ、ヒメノボタン、ノジトラノオ、ヒメナエ、カイジンドウ、ツクシクガイソウ、チョウセンスイラン、エヒメアヤメ、ダイサギソウなど
○熊本県が指定した指定希少野生動植物と生息地等保護区
熊本県では、平成２年12月22日に全国に先駆けて「熊本県希少野生動植物の保護に関する条例」を制定し、現在その条例の改正を行い、県内においてその個体数や生息地等が著しく少ないもしくは減少しつつあるものや生息・生育環境が悪化しつつあるもの、また学術的価値が高いもの等を「指定希少野生動植物」として、また、それらの動植物を保護するために重要な区域を「生息地等保護区」として改めて指定し直す準備を進めている。「指定希少野生動植物」４０種のうち、阿蘇の草原に生育・生息するものが約半数の２０種を数える。
【阿蘇地域の指定希少野生動植物種】（再指定後）
<草原に生息・生育する動植物>
オグラセンノウ、ツクシマツモト（マツモトセンノウ）、ミチノクフクジュソウ、ツクシフウロ、サクラソウ、ツクシトラノオ、ツクシクガイソウ、ヤツシロソウ、ヒゴシオン、ヒゴタイ、サギソウ、ケイリンサイシン、ベニバナヤマシャクヤク、タマボウキ、スズラン、ノカンゾウ、ヒメユリ、エヒメアヤメ、オオルリシジミ、オオウラギンヒョウモン
<その他阿蘇に生息・生育する動植物>
アズマイチゲ、クマガイソウ、オオダイガハラサンショウウオ、モートンイトトンボ、グンバイトンボ
【阿蘇地域の生息地等保護区】（再指定後）
井出湿地生育地保護区（阿蘇市）、中江生育地保護区（阿蘇市）、満願寺生育地保護区（南小国町）、河原生育地保護区（高森町）、野尻生育地保護区（高森町）、津留生息地保護区（高森町）、久石生息地保護区（南阿蘇村）
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